Κατά την ενδοδοντική θεραπεία καθαρίζεται όλη η τερηδόνα και το σαπισμένο δόντι που υπάρχει και βρίσκεται η κοιλότητα μέσα στην οποία βρίσκεται μεταξύ άλλων το νεύρο του δοντιού. Αφαιρούνται όλα όσα υπάρχουν μέσα σε αυτήν την κοιλότητα (νεύρο, αγγεία, μικρόβια κτλ) και προετοιμάζεται κατάλληλα για να δεχτεί το τελικό υλικό.

Αφού ολοκληρωθεί η χημικομηχανική επεξεργασία της, τοποθετείτε μέσα στον κάθε ριζικό σωλήνα του δοντιού ένα ειδικό υλικό που αποτρέπει τα μικρόβια να εισέλθουν ξανά.

Από πάνω γίνεται συνήθως μία έμφραξη για να αποκατασταθεί και το τμήμα του δοντιού που φαίνεται. Η ενδοδοντική θεραπεία φαίνεται πια μόνο στην ακτινογραφία, ενώ το δόντι συνεχίζει να υπάρχει κανονικά μέσα στο στόμα.

Πολλές φορές, επειδή το δόντι που έχει σαπίσει είναι πάρα πολύ και το υγιές τμήμα του που μένει είναι πολύ λίγο για να στηρίξει ένα σφράγισμα, επιλέγουμε να τοποθετήσουμε επιπλέον και έναν ενδορριζικό άξονα. Επίσης, λόγω του ότι τα απονευρωμένα δόντια αφυδατώνονται και δεν έχουν την μικροελαστικότητα ενός ζωντανού δοντιού, συστήνουμε την τοποθέτηση μίας θήκης για να τα προστατέψουμε από ένα πιθανό κάταγμα (ειδικά εάν πρόκειται για οπίσθια δόντια όπου οι δυνάμεις της μάσησης που υφίστανται είναι τεράστιες).